反硝化滤池根据水力流态可分为上流式和下流式。上流式反硝化过滤器类似于传统生物过滤器的结构。污水自下而上流动，过滤器自下而上分为配水层、支撑层、填料层、清水层。下流式脱氮过滤器的形状与V型过滤器相似。污水从过滤器上部配水槽进入滤料区，过滤器自上而下分为配水区、填料区、支撑层、出水收集区。

与曝气生物滤池相比，反硝化滤池不需要在滤池中增加曝气设备，只设计反冲洗设备，进行联合冲洗和空气冲洗。为保证反硝化滤池的正常运行，常配备气水联合反冲洗设备。

过滤器支撑层一般由过滤板、、过滤头、组成，反冲洗系统(冲洗水管、、冲洗风管)在支撑层的过滤板下方还装有新型过滤器，主要是优化过滤头作为一种新型的过滤砖，以利于水气分布，优化气水分布。

滤料也从普通卵石、砾石变成陶粒、无烟煤、火山岩和高分子惰性载体，是类比表面积大、截污能力强的载体材料。上流式过滤器的冲洗方向与进水流向相同，因此过滤器的出流区往往有冲洗废水收集池/池，冲洗后的废水回流至进水配水区。